9月7日起，中國的行政立法機關國務院法制辦，就國家宗教局遞交的《宗教事務條例修訂草案（送審稿）》在網站上公開徵求意見，為期一個月。
最近一階段以來，各種宗教學者、律師和教徒紛紛通過網絡發表自己對這項行政立法的意見。
9月15日，十六名中國大陸的基督教法律人和學者發布一封給全國人大常委會的公開信，要求解釋中國《憲法》第三十六及八十九條，並質疑國務院是否有權制定涉及公民宗教自由的法規。
9月19日，李貴生、楊興權、張培鴻、雷小冬、範標文等五位基督教背景的法律人聯合就致信國務院法制辦公室。
五人提出，宗教事務管理法治化，立法首先必須程序合法，依憲依法，否則源頭不合法，執行起來會阻力重重，而目前這份《宗教事務條例修訂草案（送審稿）》，存在是否合憲、違反“立法法”、“行政許可法”等諸多問題。
五人建議，“宗教事務條例，是當下唯一一部涉及宗教信仰的行政法規，事關數億公民的權利，事關國家的長治久安，應該開門立法，吸收宗教專家學者、宗教信仰人士、法律專業人士參與起草工作，而不是部門起草。”
對此，陝西師範大學副教授王超的文章認為，這次部門立法，五教三方（第一方：佛教、道教，第二方: 天主教、基督教，第三方：伊斯蘭教）對這一草案顯示出明顯的差異性特徵，簡單地說，佛、道、伊教對於草案基本無視，而天主教、基督則反應甚為激烈，並質疑草案的“合法性”問題。
王超認為，本次草案引起基督教界的強烈反應，尤其涉及家庭教會問題。新草案規定了家庭教會依法登記，以及宗教場所歸屬宗教團體的方案，是基教各屆質疑的主要內容。
因此，基督教維權律師及宗教職業者、教眾、學界，都在網絡平台公布了自己對草案的不滿之意，而且對草案提出者“國家宗教局”的立法身份的合法性不予認可，並組織相關人員數十人以“抗議信”的形式正式提交上級機關進行審議。
王超認為，作為高級知識分子的基督教教眾發揮了主導作用，他們有能力，有知識，也有意願完成審議並提出切實的意見，並且以法律為名，進行“維權”。
對新草案，基督教界感受到對家庭教會的“限制”與“打擊”尤甚，對宗教自由與自身權利“打壓”過多，感到自身活動受限嚴重，於是以“宗教法治”為工具，通過法律程序提出意見，維護自身利益與政府進行博弈。
基督教界深受西方影響，一方面在維護權益上得到西方輿論支持，另一方面受憲政思維影響，積極表達自身訴求，對政府公共政策敢於提出意見，同時聯繫到近期拆教堂、抓維權律師等事件，基督教各界對自身命運的擔憂更強烈，所以回應也越激烈。
對伊斯蘭教的沉默，王超描述為“一石入水，沒有半點浪花，着實讓人感慨”，不知是伊斯蘭教界對政府的“忠心”還是對政府的“心死”？
王超認為，此次修法並非與伊斯蘭教無關，草案中關於伊斯蘭教的部分規定，可能會涉及宗教團體與宗教場所關係的重新分配問題，以及網絡惡意攻擊伊斯蘭教要懲戒的問題。
對此，王超分析說，伊斯蘭各屆對政府的慎言與對個體的反擊，表現出伊各屆對政府的忠心與自身游離在世事之外的狀態，此外，相西方的憲政思想，對政府提意見等做法對伊教各屆影響不深；伊教各屆深受歷史與現實中伊教境遇的影響，時刻反思與自省，低調行事，唯恐招來“大禍”。
事實上，中文伊斯蘭教並未完全沉默。
9月20日，在漢語伊斯蘭教圈子中影響頗大的山東德州阿訇李雲飛致信國務院法制辦，就此次部門立法提出質疑和建議，在漢語伊斯蘭信眾中影響不小的中穆網轉載了這份建議。
李雲飛提出，此次《草案》增訂的九章七十四條中，設定了二十九類審批事項和十一項處罰權，這違反了憲法三十六條公民宗教信仰自由之條款，而憲法三十六條所確立的公民宗教信仰自由權利，是人與生俱來的權利，並非是憲法授予的，更不是政府能夠審批的。
李雲芬認為，國務院作為行政機關，凡制定與宗教信仰自由有關的行政法規，均不能妨礙憲法確立的公民的這一自由。“行政機關對宗教事務的監管是監督和備案，即履行對宗教自由的保障義務；無權審批，更無權處罰。相關犯罪行為及安全問題，屬公安機關職責範疇，行政機關不能越俎代庖。”
此外，李雲飛對草案中經常用來指責伊斯蘭恐怖分子的“宗教極端主義”的表述提出質疑。
李雲飛認為，“極端主義”就字面而言指的是在某事物上追求極致，用於宗教信仰則是虔誠，與“宗教極端主義”在使用中想要表達的恐怖主義和暴力的現象不符，無論宗教信仰者如何虔誠，只要他沒有侵犯別人的權利，這種行為就不構成犯罪。
李雲飛批評說，“宗教極端主義”曾存在於地方政府（新疆）的《宗教事務條例》中，因為沒有法律定義，使政府部門在處理宗教問題時擁有了絕對的裁量權，發生了大量侵犯公民宗教信仰權利的事情。
最後，他總結說，《草案》最“令人遺憾之處”是政府未盡到對公民宗教信仰自由的保障義務，尤其是針對政府部門出現的侵犯公民宗教信仰權利的問題，增設保護性條款予以糾正，相反，卻增加了更多的審批事項和處罰權。