陳日君樞機獲黎智英捐贈2000萬元傳用作支援中國地下教會
旗下刊物包括香港及台灣《蘋果日報》和《壹周刊》在內的壹傳媒集團主席黎智英，被揭發自2005年以來懷疑向天主教香港教區陳日君樞機以及泛民主派政黨捐款5000萬元（港幣，下同），光是陳日君樞機個人，就收取了2000萬元，黎智英對此並未發表任何評論，但陳日君19日在記者會上主動辯稱，他承認以個人身份，收過黎智英大筆的捐款，主要是用來捐給部分香港慈善機構、到羅馬教廷或其他海外地方開會的支出，及捐贈助學金。
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《蘋果日報》19日則以報道的形式為捐款一事解說，聲稱「陳日君主要把捐款用作支援飽受中共打壓的地下教會等事宜」。
黎智英辦公室又告訴《南華早報》，黎的捐款完全是合法，「符合黎先生一貫支持一個自由而開放的香港」。《南早》的報道又引述黎智英的朋友表示，黎的私人捐款紀錄被公開，背後有政治動機，目的是污衊陳日君和泛民主派的政黨。他們指出，香港傳媒為此而爭相報道，正好轉移了市民對政府施政不滿的關注。
陳日君在記者會上表示，他收過黎智英多筆捐款，總額已忘記，每筆捐款都數以百萬元計。陳日君說，黎智英從來無指明捐款的用途，他亦無向黎智英道謝或交待款項去向，又說捐款與政治無關，亦無用作個人用途，他認為，相信黎智英明白主教有些工作需要用錢，故作出捐款。 陳日君說，除黎智英外，亦收到其他人士或機構捐款，他認為作為教區主教，一次過收取數百萬捐款，不算十分龐大；他指款項主要用於捐給部份本港慈善機構、到羅馬教廷或其他海外地方開會的支出，及捐贈助學金。
黎智英捐款紀錄在網上被揭發，相信是遭到FOXY電腦程式泄密，文件記錄了黎智英過去7年部份捐款紀錄，捐款對象包括公民黨、民主黨、社民連，以及陳日君樞機等5名神職人員，也有香港糖尿聯會、世界自然基金會等團體。當中最大筆的捐款是2005年至今合共捐出2000萬元予陳日君樞機。文件顯示，2005年起，黎智英每年平均向陳日君捐款300萬元，2006年陳日君獲委任為樞機，黎在該年捐出500萬元。
事實上，教宗本篤十六世當年在梵蒂岡接見新樞機及各教區的觀禮團時，陳日君就介紹黎智英和民主黨創黨主席李柱銘給教宗認識。黎智英當時還問教宗會否到訪香港或中國大陸訪問，教宗面帶笑容回應道：「我會的。」
疑似捐款文件曝光後，天主教香港教區副主教陳志明表示，教區對陳樞機接受黎的捐款並不知情，教區的賬簿內亦沒有紀錄。但他表示，若捐款以個人名義接收，並沒觸犯教條。香港教區傳播處主任容若愚回應時表示，沒聽過陳日君曾收黎智英捐贈，即使屬實也是兩名成年人之間的私人事務，與教區無關。
李柱銘表示，他雖然不知道捐款詳情，以他所知，陳樞機以往經常出錢資助不少神職人員，而且神職人員不會有私產，就算收到捐款，也是用作教會事務或者幫助神職人員。
《蘋果日報》又引述教區消息人士透露，神職人員接受捐款會用於慈善、人道活動及牧民需要，有時一些內地修生到羅馬留學，陳日君會出錢資助，有些內地神職人員來港，陳日君也會捐款給當地地下教會。報道又指，陳樞機會定期探望在囚人士，例如在中秋節時送贈月餅，涉及的費用也是由他負責。他也會以捐款贊助一些世界性的教會活動。神父並無薪酬，陳日君日常如有開支需要，可向慈幼會領取，而慈幼會的收入來自捐款。教區消息人士說，陳日君接受捐款並非不見得光的事，只是有些受助人身份不便公開，因此難以完全公開交代接受捐款的事。
除了陳日君之外，懷疑受了捐款的政黨及個人還包括民主黨的1369萬元、公民黨的1456.65萬元、社民連100萬元以及前政務司司長陳方安生，也獲得130萬元的捐贈。被泄露的文件同時顯示，黎智英從今年7月至9月，又捐了200萬元給公民黨，300萬元給民主黨。
中大政治與行政學系副教授馬嶽說，政黨接受捐款是平常事，兩個泛民主派主要的政黨加起來有三成多的選票，但原來只有一個有錢人願意捐錢給他們，多少反映了香港的悲哀，因為有錢人和富商害怕得罪中央，不敢捐錢給支持民主的政黨。