中國全國共有4000餘家自來水廠，為4億多縣級以上城市居民，每天供應6000萬噸自來水，這些水到底安全嗎？悖論是，幾乎所有飲用水界專家、學者都認為中國城市水質存在“安全隱患”；同時幾乎沒有任何一個城市的某家水廠自檢自測水質不合格。原因可能是，“中國水廠水質絕大部分為自檢自測，且檢測次數極為稀少”。
最新一期的財新傳媒《新世紀周刊》封面報道《自來水真相》敲響了警鐘。報道刊發後，引發廣泛討論和震驚。
昨天（5月10日），住建部水質中心主任邵益生接受新華社採訪承認，稱2009年針對全國4457家城鎮自來水廠的水質普查，合格率僅為58.2%。
根據財新的上述報道，事實真相是：中國城市水源地僅一半左右未被污染，4000餘家縣級以上城市水廠中，僅3%的水廠上馬了深度處理工藝。大量水源被污染，污染物主要是化學有機物、重金屬離子等，如果沒有深度處理工藝，這些污染物在常規處理工藝下將順利過關，進入用戶家中。
報道說，“對每個人來說，飲用水像空氣，無可選擇，無從逃避；對政府來說，供水工程是最為基礎的民生工程，遠比修馬路、建高鐵、蓋高樓更為基礎；近十幾年來，供水成了最被忽視的民生工程，還供水欠賬，已刻不容緩。”
該報道披露，2009年下半年，為了“大致搞清”全國城市飲用水的水質狀況，住建部水質中心作了一次全國普查：抽檢範圍擴大到縣城以上的全部城市；交叉檢測：“這個省可派那個省，那個省可派第三方省，但不能互派。”
這次普查，是近十幾年間最大規模的檢測，覆蓋了全國4000多家縣級以上城市自來水廠，得出了最為接近真相的飲用水質數據，但此次普查的結果一直沒有公布。
住房和城鄉建設部城市供水水質監測中心（下稱住建部水質中心）總工程師宋蘭合介紹說，“那次全國普查，發現4000餘家水廠中，1000家以上出廠水水質不合格。”
多位接近權威部門的業內人士告訴財新記者，他們所獲知的該次檢測結果，實際合格率也就是50%左右。也就是說，可能近50%不合格，“1000家以上不合格”，只是一個寬泛的說法，以求淡化衝擊而已。
昨天的新華社報道也證實了百分之五十水質不達標的的數字並不誇張。
目前，中國城市水源地真正合格的比例可能只有約50%，30多年來快速工業化導致廣泛的水源地污染。
1985年，中國城鎮的飲用水水源地尚屬清潔，水廠出廠水只要符合最基礎的35項指標，即屬合格。到了2006年，水環境已嚴重惡化。城鎮水源主要污染物已由微生物污染轉為溶解性的有機污染和重金屬離子污染。
有專家說，“廠里產什麼，水裡就有什麼，河流成為‘超級化工廠’。”
清華大學環境學院教授王占生說，大量有毒害的化工化合物如苯、甲苯、苯乙烯等進入水源，大量農藥如敵敵畏、草甘膦等也進入水源。有毒的無機化合物也增加了11項，溴酸鹽、氯酸鹽、銻、鉈、氯化氰等11項進入控制之列。學者普遍認為，中國當前水污染情形比歐盟工業化時期更為嚴重，稀土金屬等污染類型更為中國所特有。
最近十年，東部沿海地區產業轉型，眾多污染企業進軍西部，進軍農村，導致更多原本乾淨的河流上游、源頭，以及地下水，逐步進入污染行列。
清華大學教授王占生認為，不合格水對人體的危害，有看得見的，有看不見的。看得見的通常是微生物污染危害，看不見的危害，容易被忽視但更值得關注。自來水的有機化合物總量（CODMn）超標易導致慢性疾病。
王占生介紹，飲用有機化合物總量超標的水，“一天兩天沒問題，半年一年看不出問題，但有機化合物會在人體中富積，最終對身體造成危害，嚴重時可能致癌、致畸、致突變。”
2009年的普查發現，以地表水為水源的自來水廠不合格，主要原因恰恰是有機化合物總量超標。而以地下水為水源的水廠，不少也出現了氟、砷、鐵、錳等超標。
有機化合物總量是指以高錳酸鉀為氧化劑所測定出的水中COD值。COD俗稱化學需氧量，表示水中還原性物質（各種有機化合物、亞硝酸鹽、硫化物等）數量多少。王占生稱，這些有機化合物中，相當一部分是環境激素，又叫內分泌干擾物。環境激素有四方面的危害，會讓人免疫力降低，會影響人的生育能力，會致癌症，會對人神經系統產生干擾。
中國疾病控制中心環境與健康相關產品安全研究所主任鄂學禮，2006年在論文《飲水污染對健康的影響》中，引述了國內在多地水廠出廠水中檢測到環境激素的情形。
清華大學環境學院飲用水安全研究所所長劉文君認為，公眾甚至各級官員哪怕是分管供水的官員，對飲用水與人體健康之間的關係，也嚴重認識不足。
即使是飲用水突發性污染多次成為關注焦點，其頻率也很可能被低估。近幾年發生的幾起重金屬污染事件，如2008年株洲、湘潭鎘污染事件，2012年2月廣西龍江鎘污染事件，每次都是偶然發現。
另一方面，中國自來水廠：處理工藝跟不上污染97%水廠採用傳統工藝，對當前重要污染類型力不從心
傳統工藝主要處理滅殺水中微生物，如果水源被重金屬離子和有機化合物所污染，傳統工藝就力不從心。日本和大部分歐洲國家，由於歷史上有過較嚴重的環境污染，均升級了傳統水處理工藝，即深度處理，通過臭氧、活性碳等技術，清除各類有機、無機化合物，使污染水達標，最終實現直飲。
儘管水源污染嚴重，至2009年底，全國縣以上4000多家自來水廠中，98%仍使用傳統工藝。目前，中國只有北京，尤其四環以內的主城區，水廠普遍上馬了深度處理工藝，水網管道大部分更新，因此離直飲水距離最為接近。上海、廣州、深圳、杭州等大型城市，部分水廠上馬了深度工藝，但是因為主城區管道老舊等原因，目前無法實現直飲。
而更讓人擔心的是，除城市水廠外，還有上萬座小自來水廠供應鄉鎮，工藝更落後，水源安全更難保證。目前，沒有關於這些小水廠水質的全面數據。