在圍繞南海主權問題引發的矛盾和衝突不斷升級的背景下，中國推出的新版電子護照，內頁印製的地圖畫出了中國在南海的主權範圍，再次引發周邊與中國有邊界爭議的國家和地區的強烈不滿。最近幾天來，菲律賓、越南和印度已相繼提出抗議，台灣方面也作出明確表態。
中國新版電子普通護照於今年5月15日啟用。電子護照在傳統本式普通護照中嵌入電子芯片，並在芯片中存儲持照人個人基本資料以及面部肖像、指紋信息。護照共48頁，除個人資料頁、備註頁等護照的功能頁外，可印刷主題圖案的頁面共40頁。其中，包含南海“九段線”暗紋的中國地圖出現在第8頁上，（九段線是中國對南海海域國界線的一種叫法）。正是出現在這一頁的“九段線”暗紋引發了巨大反響。英國《金融時報》指出，這一地圖畫出了中國在南海的主權範圍，是中國為強調南海主權迄今為止最明顯的行動。“在接納中國公民入境時，相關國家需要在中國公民的護照上蓋章，等於默許了中國政府的領土主張”。
菲律賓和越南本周四（1月22日）紛紛表示了抗議。菲律賓外長周四表示，中國此舉 “侵犯了菲律賓主權”，令人“無法接受”。該國外交部發言人也表示：菲律賓無法忽視中國的舉動，允許北京繼續發放新版護照，意味着屈從於北京的主權訴求。菲律賓憲法規定必須保護主權。
越南外交部也對中國將南海九段線地圖納入新版電子護照內頁表示抗議，該國外交部發言人在當天的記者會上明確要求中國“更改這些錯誤”。為了抵制中國的做法，越南有關機構採取了具體對策：對那些持新版護照入境的中國遊客，簽發另一紙簽證，夾在護照的外面。
印度方面也對中國新版護照內頁地圖納入有領土爭議的阿魯納查省（藏南地區）和阿克賽欽地區表示不滿。印度一家網站周四披露，在中國新版護照出爐之後，印度方面也開始發放 “印度版”的特殊簽證。印度駐北京大使館在發給中國公民的簽證中加入一張新的地圖，該地圖將中國藏南地區和阿克賽欽地區納入“印度版圖內”。
由於中國發行的新版護照內頁中，也出現台灣知名旅遊景點清水斷崖和日月潭，引發台灣當局關注。儘管台灣並未提出正式抗議，但綠營人士已表達了不滿。另據台灣今日新聞網披露，台灣外交部發言人表示，“陸委會”將對外說明。“陸委會”則指出：北京應該面對“中華民國”存在的現實。“應該擱置爭端，共同為台灣海峽的和平與穩定發展努力”。
面對不滿和抗議之聲，中國外交部作出回應稱：中國新版護照符合國際法，護照上的地圖不針對任何特定國家，同時表示：中國願積極與相關國家進行溝通，促進中外人員交流。
有分析認為，隨着中國新版電子護照的推出，其它與中國圍繞資源豐富的南中國海地區發生過衝突的國家，也擔心北京通過發放新版護照來謀求它國對其領土主張的默認。中國正在發放無數的新版護照，從每月的申請量估算，中國已印製了近600萬本新版電子護照。《金融時報》引述一位駐北京的高級外交官指出：“外界認為，這意味着局勢嚴重升級，因為中國正在發放無數的新版護照，而且成人的護照有效期長達10年。如果北京方面稍後改變立場，它就必須召回所有這些新版護照。”