今年2月初，加拿大麥克馬斯特大學宣布因人權問題關閉其校內的孔子學院，這是自問世八年多來，孔子學院在全球首例被關閉的個案。但只過了20多天，中國就公布了一項雄心勃勃的《孔子學院發展規畫（2012-2020年）》，聲稱到2015年全球孔子學院要擴張到500家，到2020年基本完成全球布局。4月，英國《泰晤士高等教育》周刊（times higher education）撰文指加拿大的人權事件表明北京在國外開設孔子學院的過程並不太平，僅在加拿大，除麥克馬斯特大學將在7月底關閉孔子學院外，早些時候更有馬尼托巴大學和卑斯哥倫比亞大學拒絕讓孔子學院落戶，這些都表明西方大學正重新審視孔子學院。
該文的撰稿人是來自美國波士頓的馬庫斯（Jon Marcus），他首先引用了孔子在論語中的一句話“逝者如斯夫”，認為它可能正說明被北京以孔子冠名的漢語學校在全球各地面臨的命運。位於加拿大華人最集中的大多倫多地區西部漢密爾頓的麥克馬斯特大學，來自中國的漢語教師趙女士（Sonia Zhao）在2012年向安大略省人權委員會提出人權訴狀，指孔子學院要求她隱瞞自己的法輪功信仰，不允許她與學生談及這些話題。孔子學院規定教師不能與被中國政府取締的組織有聯繫，其中包括法輪功組織。
麥克馬斯特大學公共與政府關係助理副校務長安德烈婭•法誇爾（Andrea Farquhar）在解釋停辦孔子學院的原因時說：“麥大關注孔子學院的聘用過程，孔子學院必須改變以適合我們的標準，在孔子學院拒絕後，我們只好做出停辦的決定”。
除孔子學院最新爭論的爆發地加拿大，其他國家反對孔子學院的人數近年來也大幅增加。馬庫斯認為除聘用人員時侵犯人權外，批評者還指責它在台灣的主權地位和朝鮮戰爭的起源問題上做宣傳。美國邁阿密大學政治學教授德雷爾（June Teufel Dreyer）擔心並非所有西方學生都能鑒別真相，她說：“孔子學院歪曲歷史，例如他們在澳大利亞邀請講座者來學校為中國政府站台，吹噓西藏人民是多麼的幸福。但在中國統治下，西藏人正不斷自焚”。08年以色列特拉維夫大學關閉“真善忍國際美展”，因為害怕北京拒絕提供開設孔子學院的經費。09年特拉維夫地方法院裁決該校“屈從中共大使館的壓力，違反言論自由”，判校方另給出一星期的展期，並支付學生的訴訟費用。
曾成功抵制孔子學院落戶的馬尼托巴大學亞洲研究中心執行主任羅素（Terry Russell）說：“在決定聘用誰和教學內容上，孔子學院沒有獨立性和公正性。他們只是照搬中國那一套，對我們的學術自由沒有興趣。”
對破壞國家安全的顧慮也是孔子學院受西方國家關注的原因之一。加拿大安全情報局局長理查德•法登（Richard Fadden）在2010年就對媒體表示“中國人試圖在加拿大全境的大多數學校里投資興建孔子學院”。這些學院由使領館外的代理人管理，以造成使領館沒有插手的印象，當發生針對法輪功、台灣等問題的示威時，大使館可以表明沒有插手。
西方國家和大學對孔子學院的重新審視，並沒有阻止北京擴張計畫的出台，八年《孔子學院發展規畫》要求在四年內於各國新開辦至少142家 孔子學院。這些受中國教育部旗下的漢辦直接領導的學校，以向國外大學提供資金、教師和漢語教材的方式開辦，這對於一些資金短缺而又想開設亞洲課程的大學來 說，是一個很難抵擋的誘惑。馬庫斯說，賓夕法尼亞大學拒絕它落戶，但墨爾本大學、芝加哥大學和斯德哥爾摩大學開設了孔子學院，斯坦福大學和倫敦經濟學院等 頂級大學也同意開辦。這種西方大學裡因孔子學院而出現的價值觀和現實利益之間的衝突，被美國國會美中經濟與安全審查委員會成員德雷爾稱為“令人尷尬的中國 熱”。