中央專案組由領導人下令成立 程翔料圖揪出「反習近平集團」
銅鑼灣書店五人失蹤案惟一自願公開面對傳媒揭露事件真相的店長林榮基，指被拘禁與中央專案組調查涉及中國高層的敏感書籍有關，明言：「不是國安、不是派出所、不是軍人，而是中央專案組」。時事評論員程翔和劉銳紹均指出，事件應涉及北京政治鬥爭，程翔更估計，中方是想藉查書店各人來揪出所謂「反習近平集團」。
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中央專案組在反右運動已出現，正式出現則是在文化大革命期間，是為調查有關攻擊時任領導人毛澤東的“反革命信件”而成立的中國共產黨中央非常委員會案，其後泛指中央為處理某一重大或政治敏感事件而成立的專門工作小組，實行專案專辦，並可直接向中央彙報，例如早前要求黨主席習近平請辭下台的「倒習信件」、調查前政治局常委周永康和前重慶市委書記薄熙來的，都是中央專案組，指令來自中央領導人級別。
時事評論員劉銳紹向本台指出，中央專案組多按領導人指示隨意隨機成立，調查涉及政治叛逆事宜，權力甚大，可由各部門抽調人手配合，可說是無法無天。今次卻用在香港民間人士身上，甚為 弔詭，反映專案組被中央用作鬥爭的工具，又或是有人濫用權力。
另一時事評論員程翔17日亦在電台節目表示，事涉「中央專案組」，出乎他意料之外，而這個在文革時期被用作打擊政敵的架構重新出現，令他不寒而慄。就此，亦顯示事件屬於政治事件，非法售書只是內地慣用以經濟罪行包裝政治事件的常見做法。
程翔續稱，銅鑼灣書店出版的書籍主要是反對或抨擊習近平的，估計內地拘捕銅鑼灣書店五人，是想透過書店揪出所謂「反習」集團涉及哪些人及其關連。林榮基昨晚在記者會上亦透露，辦案人員更多是想知道有關撰寫中國高層秘辛的作者是誰，又指有北京來人指罵他們的書是污衊領導人，中國政府對他們這些人「絕不手軟」。
銅鑼灣書店事件爆發後，海外及香港傳媒曾報道，事涉中共高層，由公安部具體執行，目的是打擊被指日益猖獗的批評領導人的境外出版物，而香港可說是有關書籍的主要供應地，是中共不同派系鬥爭的消息發放場，並以「出口轉內銷」的方式傳回內地。程翔認為，事件反映香港已經無可避免地捲入中國內地的政治鬥爭，不能置身事外。
銅鑼灣書店五人自去年底起接連失蹤，有香港永久居民身分的四人曾先後返回香港，向警方銷案，但其中一名股東桂民海，現仍身處中國，其女兒接受美國傳媒訪問，稱父親亦是被中國人員綁架，呼籲中國放人。