香港署理南區選舉主任蔡亮正式通知黃之鋒因不符合參選資格提名無效，並指出主要原因是黃之鋒並未放棄以港獨作為自決前途的選項。黃之鋒因此變成區議會選舉當中唯一一名被DQ（取消資格）的候選人，從而引發輿論高度關注。
9月28日香港雨傘運動五周年之際，黃之峰宣布角逐香港島南區區議會海怡西選區的區議員。這是黃之鋒首次參選。當時他表示議會、街頭和國際是民主運動的三座大山，希望各方寸土必爭。並且特地強調自己並不代表“香港眾志”參選，他個人提倡和支持香港人可以“自決前途”的意思，是指“50年不變”期限屆後的前途問題，香港人可以共同參與決定。事實上，黃之鋒此前曾多次被當局要求，對是否認同“民主自決”的主張以及過往發表的言論作出解釋。
如今卻接獲“被取消資格”的通知書，黃之鋒本人隨即在臉書上強烈譴責港府對候選人進行政治篩選和審查，剝奪他的政治權利，選舉主任也淪為思想警察。
香港政府發言人則回應表示，鼓吹或推動“民主自決”的人士不可能履行區議員的職責，並強調“支持選舉主任決定，令區議會選舉能在符合《基本法》和其他適用法律下公開、公平、誠實地進行，與部分社會人士指稱的政治審查、限制言論自由或剝奪參選權無關”。
29日下午，黃之鋒再發表公開聲明，痛批審查參選資格的選舉主任根本是強行羅織罪名。他說真正導致《基本法》淪喪的，並非“民主自決”理念，而是“甘作鷹犬的香港政府”，封殺其參政權利則是“中國當權者缺乏自信、恐懼民主”的表現。
對於外界擔憂他被禁止參選，據港媒報道，黃之鋒表示說，在國際社會關注及香港本地抗爭持續下，若政府取消參選人資格，反映政府所指的對話平台，都是公關及欺騙的手法，中國中央政府及特區政府也將會面對國際輿論壓力。他也稱自己就算被DQ也有備案。
2019年區議會選舉將在11月24日登場，預計香港18區的區議會將選出452個民選議席。據了解，香港區議會為地方層級與香港立法會最大不同之處，就是區議會僅有諮詢功能，沒有立法權、也不能審議政府支出。香港18區的區議會幾乎都由親中的建制派（民建聯、工聯會、經民聯、新民黨等）所掌控。目前擔任香港眾志秘書長的黃之鋒9月底宣布在香港南區的海怡西選區參選，但他的選舉資格判定先前遲遲沒有下文，直到29日才終於確定失去參選資格。黃之鋒是本屆區議會選舉，最後一個確定提名資格的候選人，也是唯一被宣告“提名無效”、失去參選資格的候選人。
香港從2016年起，在各級選舉引入“確認書制度”。候選人必須讓選舉主任相信其擁護《基本法》、效忠特區政府，否則就會被取消參選資格。黃之鋒在報名後，曾被選舉主任三度查問政治主張，他也首次明確表示“不支持港獨為自決選項”。不過選舉主任依舊認定黃之鋒的提名無效。
對此，香港民主黨主席胡志偉批評說，當局在黃之鋒表明不支持港獨的情況下，仍質疑黃之峰並取消他參選資格，這明顯是政治篩選，而且只會令當前困局持續混亂，乃百害而無一利。胡志偉同時還擔憂區議會選舉一旦出現混亂時，港府會取消或押後選舉。