最早認定華南海鮮市場是疫源地是否產生了誤導
武漢疫情肆虐兩月有餘，對於這一新冠狀病毒究竟源自何處，仍然沒有定論。最早提出的看法是疫情爆發的源頭是華南海鮮市場，新冠病毒來自原始宿主蝙蝠，華南農大幾位學者表示他們找到了中間宿主穿山甲。但是隨着時間的推移，疑點似乎不少。
發表時間：
綜述多家媒體報道，華南海鮮市場是中國衛生機構最早認定的疫情發源地，武漢衛健委12月31日通報表示，近期部分醫療機構發現接診的多例肺炎病例與華南海鮮市場有關聯，當局隨後關閉了這一市場。
1月22日，中國疾控中心主任高福表示，武漢新型冠狀病毒的來源是武漢一個海鮮市場非法銷售的野生動物。1月26日，中國疾控中心病毒研究所表示，該所首次從華南海鮮市場的585份環境樣本中，檢測到33份樣品含有新型冠狀病毒核酸，並成功地在陽性環境標本中分離病毒。
然而，『科學』雜誌1月27日在線公布『柳葉刀』一篇論文，對華南海鮮市場是武漢新型冠狀病毒肺炎的疫源地提出了質疑。這篇論文由武漢市金銀潭醫院副院長黃朝林與該院其他醫生以及多家研究機構成員撰寫，論文提供的重大信息有：
第一例病人發病時間是12月1日，這比之前公認的12月8日早了整整一個星期，那麼，這位病人是所謂的零號病人嗎？無法確定，但論文表明，這位病人發病與華南海鮮市場沒有關係。而且，沒有發現第一例病人與以後的病人存在流行病關聯。12月10日，又有3例病例，其中兩例與華南海鮮市場無關；12月15日，有華南海鮮市場暴露史的病例集中出現。
這篇論文涉及到41例病人，有14例與華南海鮮市場無關聯。而且，華南海鮮市場沒有人賣蝙蝠，也未發現蝙蝠的蹤跡。1月29日，中國專家在『柳葉刀』發表的另外一篇論文分析了金銀潭醫院99例確診病例，其中50例無華南海鮮市場接觸史。
但是衛生當局最早把華南海鮮市場作為必要排查條件，產生的一個後果是許多癥狀明顯的人不符合這一標準而得不到及時治療，並傳染給更多的人。
根據『財新』報道，武漢衛健委2020年1月4日下發的救治工作手冊中，對確定“不明原因的病毒性肺炎”有兩套標準，其中一份『不明原因的病毒性肺炎入排標準』將海鮮市場有關的流行病學史作為必要條件。即2019年12月1日以來，長期在華南海鮮市場從事交易活動的商戶、僱傭者和工作人員，或發病前兩周內曾在海鮮市場從事加工、售賣、宰殺、處理和搬運等工作三小時以上者，或發病前兩周內曾在海鮮市場有禽類、野生動物明確接觸史（觸摸或1米以內近距離觀看等）者，以及與符合病例定義者共同生活、居住、學習、陪護、同病房的人員或未採用有效防護措施的診療、護理的醫務人員。
2020年1月15日，中國衛建委第一版『新冠肺炎診療方案』中，流行病學史的內容定義為“發病前兩周內有武漢市旅行史，或武漢市相關市場，特別是農貿市場直接或間接接觸史”。
『中國青年報』採訪的一名武漢醫生結合自己的經驗表示，他所在的醫院1月4日湧進來102名發熱醫患，1月15日，一天更有261個發熱病人進入醫院急診，但是這些多到沒地方坐的病人，由於採取嚴格的“排查標準”，即把華南海鮮市場接觸史作為必要條件，病人很難被報送至武漢疾控中心。這位化名李夏的醫生說，“嚴格得不得了，根本沒有一個符合入排標準的”。根據武漢市衛健委通報，1月11日至1月15日，連續無新增病例，難道與把華南市場接觸史作為必要排查條件有關？
零號病人是誰 病毒源頭出在哪裡
如果華南海鮮市場不是疫源地，這不僅僅是排查標準出了問題，還提出了許多更複雜的問題：諸如新冠病毒究竟源自哪裡呢？武漢市金銀潭醫院副院長黃朝林等人刊發在『柳葉刀』論文中提到的第一例病人，他的發病時間是12月1日，他沒有去過華南海鮮市場，他是所謂的零號病人嗎？中國華南理工大學生物科學與工程學院教授肖波濤指武漢疾控中心可能是病毒的源頭有無道理？
肖波濤等人在科學論文分享網站Research Gate上發表的論文說，武漢疾控中心的實驗室有一批供試驗用的動物，其中包括155隻在湖北捕獲的蝙蝠和450隻在浙江捕獲的蝙蝠。蝙蝠曾攻擊一名研究人員，其間蝙蝠的血液接觸到這名研究人員的皮膚上。他因此自我隔離了14天。在另外一次事故中，蝙蝠的尿液接觸到他的身上，他因此做了自我隔離。論文寫道，“患者的基因組序列與蝙蝠冠狀病毒ZC45的同源性為96%或89%。這種冠狀病毒最初是在中菊頭蝠中發現的，而該種蝙蝠並不是武漢本地的，而是生活在約1000公里以外的地方。但這種蝙蝠正是本次疫情暴發前武漢疾控中心所使用的。
論文還說，武漢疾控中心還臨近武漢協和醫院。本次疫情的第一批被感染醫護人員就是在這家醫院。這有可能說明蝙蝠的組織炎本或受午飯的垃圾可能被泄露到周邊地區，導致第一批患者被感染。但這篇論文在發表後不久就被刪除，目前只能在網上找到論文的摘要。
中國科學院武漢病毒研究所所石正麗團隊1月23日在bioRxiv預印版發表“一種新型冠狀病毒的發現及其可能的蝙蝠起源”論文，指從雲南馬蹄蝠身上發現新冠狀病毒，與武漢新冠病毒同源性達96.2%，病毒源自蝙蝠就此成為大眾共識，不少科學家也傾向於這一看法。