從新冠疫情大流行第一天開始，世界衛生組織與中國的關係就被世界聚焦，在世衛與中國聯合溯源報告曝光之際，人們的關注力更增加了十倍。
法新社報道說，批評一方認為，北京當局一直處心積慮否認所有對其疫情處理不透明的指責，不斷地把聯合國衛生組織拖上船頭為其背書；北京不願分享有助於澄清已導致全球270萬人死亡的新冠病毒源頭的信息。
世衛組織曾被指責從新冠疫情爆發之初就屈服於北京，2020年1月28日，該組織總幹事譚德塞與中國國家主席習近平會晤時，不顧中國疫情傳染初期隱瞞人傳人事實，完全使用了後者的語調讚揚中國抗疫有方，在疫情明顯人傳人並大規模蔓延的嚴重情況下，世衛在中方壓力下遲遲不肯宣布疫情已構成全球緊急衛生事件。
當然，世衛組織有自己的難處，必須指望疫情爆發國的合作才能去現場溯源調查，情況並不簡單。結果一直等到武漢爆發疫情一年之後，2021年1月，國際專家才能前往被視為新冠病毒的搖籃中國武漢調查，而且還必須與中方專家合作，調查結論中方如果不認可，報告還不能單方面公布。
很多人質疑中方在處理新冠疫情方面的嚴重不透明，另一些人則對世衛專家與中方專家聯合調查的方式提出質疑。
法新社周一得到的聯合報告複印本認為，新冠病毒由蝙蝠通過另一種動物進行傳播“很可能，最有可能”。而認為實驗室發生泄漏事故而傳染的假設“極端不可能”，另外，對中方偏好的冷鏈食品感染說也不排除存在可能性，儘管比較微弱。
人權觀察組織負責人羅斯批評世衛組織是中國的“制度性合謀者”。他上月對媒體表示，“世衛組織作為一個機構，完全否認了針對中國隱瞞病毒人傳人以及至今仍然拒絕提供證據的批評”。他補充說：“我們需要一個正直和嚴肅的調查，而不是繼續屈服於中國掩藏真相的努力”。
熟悉日內瓦外交圈的一位學者則指，世衛組織竟然允許中國方面單獨去做新冠溯源前期準備工作，完全放棄了對中方專家之前進行的現場調查進行檢查。
當然，在對中國處理疫情的批評人士中，美國前總統特朗普走得最遠，他毫不修飾地批評世衛組織是“中國的傀儡”。如果說他的繼承人拜登重新把美國帶入世衛組織，但拜登並不掩飾他對該組織的批評。
美國駐聯合國代表團臨時代辦卡薩伊（Mark Cassayre）上周在華盛頓對中國拖了許久之後才允許國際專家前往武漢“深表驚愕”，他懷疑專家們能夠在現場自由地調查和搜集證據。他警告說：“這將是我們衡量世界衛生組織與北京之間關係的標準”。
但是美國當初摔門而去留下的空白迅速被北京佔據。中國駐日內瓦大使陳旭批評美方的指責“毫無根據”，他稱：“中國與世衛最近幾年合作得很好”，尤其是自新冠病毒爆發以來，與該組織的合作更是“暢通無阻”。
世衛組織傳染病事務總監海曼醫生（Dr David Heymann）則稱，新冠疫情爆發之初中國就向世衛組織“自願提供了信息”，使得專家們“很快了解了傳染機制”，他還說，他的部門要求的信息中方都能“很快提供”。
歐洲聯盟駐日內瓦聯合國大使沃爾特·史蒂文斯（Walter Stevens）表示，中國方面感覺自己“受到壓力”，這使得調查更不容易。但對他而言，主要的問題是世衛自身的份量不足，“我不同意中國完全控制了世衛的想法。”這位大使3月中旬代表歐盟呼籲聯合調查報告應該“完全透明”，並能夠回答“我們所有人都有”的問題。
儘管有些人認為新冠病毒起源調查工作的緩慢對世衛組織的信譽造成了打擊，但領導實地調查的彼得·恩布雷克認為，早去也不會太有用處，尤其是中國方面還沒有做好準備工作。團隊的另一位成員Marion Koopmans建議應將這種調查按照一定的程序標準自動執行，就可能避免被視為有罪的調查。