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日本外務大臣祝賀蔡英文當選
日本外務大臣岸田文雄在日本時間16日夜發表談話，對蔡英文當選台灣總統表示祝賀。岸田表示：日本和台灣是共有基本的價值觀、具有緊密經濟關係和人員往來的重要夥伴和朋友，希望深化與台灣的合作與交流。
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對於大陸與台灣的關係問題，岸田指出：期待當事者之間通過對話和平解決，為地區的和平與安定做出貢獻。
日本首相安倍晉三在下野期間，曾於2011年訪問台灣，並與蔡英文舉行會談，在蔡英文去年10月訪問日本時，由於安倍當時與蔡英文出入於同一酒店，媒體猜測安倍與蔡英文進行了非正式會談。
在日台之間，也存在着釣魚島問題和慰安婦問題。去年10月，蔡英文訪日期間曾拜訪自民黨本部，自民黨幹事長代行細田博之、組織運動本部長山口泰明、幹事長代理棚橋太文及青年局長代理牧原秀樹等人出面接待蔡英文訪問團，在會見後被問到未來如何在國際上加強宣示台灣主權，尤其安保法通過後，釣魚島部分將如何處理時，蔡英文表示，民進黨對釣魚島的立場非常清楚，釣魚島是屬於台灣的；這個是很清楚的立場，沒有模糊的地帶。
去年年底日韓就慰安婦問題達成協議後，蔡英文對此表示：日韓達成協議“這個很好”，但我們國家更要積極的去爭取，讓台灣上個世代受到委屈的這些婦女，得到心靈的安撫和補償，這是政府應該做的事，民進黨會全力支持。
日本政府方面人士表示：將密切注意蔡英文在這些問題上如何出牌。