在挫敗軍事政變之後，土耳其總統在國內展開了大規模的清洗運動。在未遂軍事政變中形象受損的土耳其軍隊的軍方實力和影響力受到削弱。埃爾多安希望通過大範圍的清洗，達到全面掌控軍隊的目的。為此，土耳其總統準備推出憲法改革，從而獲得軍隊的直接監護權。
7月31日星期日公布的官方日誌披露，根據為期三個月的緊急狀態法的規定，軍事機構將在國防部的管控之下。至目前為止，土耳其軍隊享有較大的自治權，名義上僅受到總理的監護。今後，埃爾多安主張的憲法改革一旦獲得通過，軍事總指揮權及情報機構的決策權將直接歸屬總統本人。
當前的情勢下，土耳其全國現有軍事院校全部解散，改為成立一所新的國防大學，直屬國防部，同時成立一所憲兵學院；全國所有軍隊醫院由衛生部直接管轄，不再隸屬於軍隊。根據土耳其內閣周日發布的軍隊改組法令，將增加副總理、司法部長、內政部長和外交部長為最高軍事委員會成員。土耳其大國民議會將投票表決修改相關憲法條例，通過改革軍隊系統的法令。7月21日，土耳其大國民議會通過了政府提出的實施為期3個月緊急狀態的議案。土耳其相關法律規定，緊急狀態期間，內閣經總統批准後有權發布法令。該法令以政府公報形式發布，並提交大國民議會批准。
土耳其最高軍事委員會是該國武裝力量最高決策機構。土耳其總統埃爾多安此前表示，最高軍事委員會將負責重組和整肅海陸空三軍，為軍方“注入新鮮血液”。作為北約第二大軍事力量的土耳其軍隊需要“新鮮血液”。此前，土耳其政府部門中只有總理和國防部長擔任最高軍事委員會成員。新加入的成員將取代原委員會中的一批軍官。
法國《世界報》報道披露，土耳其軍隊的部分“新鮮血液”將來自神學院或宗教學校的學生，這些學生可以報考軍事院校。這一前所未有的措施引發了軍隊中占居多數的基馬爾（MustafaKemal kémal）陣營的強烈不滿。他們認為：這樣的措施將更有利於伊斯蘭主義的參透 。實際上，基馬爾對土耳其執政的正義發展黨（AKP）的影響也常常可見：尤其在位於伊斯坦布爾歐洲部分塔克西姆廣場上的巨幅屏幕上不斷變換的畫面上。
土耳其於7月15日夜發生未遂政變，造成237人死亡，2100多人受傷。埃爾多安表示，政變後共有10137人被正式批捕。安卡拉指責在美國的伊斯蘭學者法士拉•居倫策畫了政變。但居倫本人堅辭否認參與並譴責政變行為。目前，軍隊、司法部門、公務員和教育系統中超過6萬與居倫有關的人員在清洗運動中被拘留、解職或停職。因牽涉未遂政變，本周已有1700多名軍方人員被解職，其中近40%為高級將領。根據土耳其法令，1389名軍人因涉嫌未遂政變被開除，其中包括總統埃爾多安的前首席軍事顧問阿里•亞澤哲、武裝部隊總參謀長鬍盧西•阿卡爾的前顧問萊凡特•圖爾坎。
波及軍隊、司法、教育界和媒體的大規模清洗運動引發了世人的關注。7月29日，土耳其總理比納利•耶爾德勒姆曾表示，在那些被免職的人中，必定會有一些人成為不公正程序的受害者。8月1日，土耳其首次承認大清洗運動可能存在一些錯誤。副總理努曼•庫爾圖爾穆什在一次新聞發布會上表示，如果的確有錯誤，土耳其將會予以糾正。這位副總理還指出，沒有加入居倫支持者行列的公民們可以鬆一口氣了，因為他們不會受到任何傷害。但那些支持者們則會為此付出代價。