前總統馬英九結束在北京的馬習會後，回台即透過馬英九基金會對外表示，呼籲國會藍白在野黨合作儘速修正反滲透法，去除兩岸交流阻礙。國民黨呼應修法主張，引發熱烈討論。民進黨直指國民黨此舉是企圖與中共聯手弱化國安防火牆。民進黨政策會執行長甚至說，不容許任何放寬「反滲透法」的修法，會抗爭到底。
反滲透法的爭辯到底在吵什麼？根據大陸委員會的公開說明資料，必須有受境外敵對勢力指示、委託、資助的「滲透作為」，加上從事「不法行為」，才會成為處罰對象。世界上其他民主國家對防範境外敵對勢力滲透干預，也都立法加以因應。例如美國有「外國代理人登記法」、「反外國宣傳與造謠法」等等；德國「社交網路強製法」、加拿大「競選廣告透明法」、及澳洲「反間諜及外國干預法」。
現今民主國家謹慎防範境外假消息、以及境外勢力介選，紛紛立法保護國內的民主憲政秩序。台灣有反滲透法並非特例，支持者將其比喻為「民主體制防毒軟體」。
反滲透法主要為防範敵對勢力的滲透干預，而這裡指的境外敵對勢力就是中國。法條規範不得從事的行為包括賄選、遊說、及公投等選舉。舉2024大選期間，因涉反滲透法遭起訴的案例，一是台灣中華泛藍協會鄭姓成員，招攬近140名團員赴大陸，落地食宿費用全接受大陸方面招待，當地台辦人員並全程派員隨行，藉餐會鼓吹團員支持特定候選人、或政黨，及表達希望團員返台後持續協助宣傳。另一個案例，是桃園市無黨籍立委候選人馬治薇，被控接受中國對台工作單位人員超過百萬台幣的資助，並提供台灣相關情報，她因涉犯國家安全法、反滲透法遭到起訴。
反對反滲透法的意見認為法條文字「任何人不得受滲透來源之指示、委託或資助」的法律要件不夠明確。大選期間，有藍營立委抱怨選區內里長因為到大陸旅遊遭調查，雖然經查沒事，但實在是不愉快的經驗。立場偏藍的《中國時報》社論指，反滲透法成為打擊異己的政治工具。檢調機關可以動輒進行約談，「目的在製造寒蟬效應，讓民眾產生不敢與大陸交流的恐懼感」。
長期關注認知作戰的民進黨立委沈伯洋不贊同這個說法，他表示，跟台灣相比，中國相關規定多如牛毛，台灣人去中國被失蹤、被調查的不計其數，那才叫寒蟬效應。如果中國國民黨真的很在意兩岸交流，是否應先建議中國修改《情報工作法》、和《反間諜法》，才是正途。
陸委會也表示，反滲透法在總統大選、立委選舉期間，發揮了導正選舉風氣、防止中共介選的關鍵作用，這是有效防範中共各個作為的手段。
朝野針對反滲透法的激辯，可說是藍綠在兩岸交流態度上的縮影。國民黨力圖修正將中國大陸列為敵對勢力的法律，認為這將阻撓與中國進一步靠近。目前國會生態，藍營以些微差距取得多數，使得國會攻防更形火熱。
國民黨主張修法，尚未研擬提出草案；中國國台辦呼應喊說反滲透法是一部惡法。總統當選人賴清德順勢將二者做連結說，國台辦一出聲，國民黨就要修改反滲透法和國安相關法令的主張，不只會傷害台灣，更會對區域的穩定及和平產生影響。他強調反滲透法、和國安五法是用來防堵中國的分化破壞，捍衛國家的主權、安全、民主與自由。
儘管賴清德強調，願意在對等、尊嚴的前提下，和中國展開交流合作。但他使用的詞語與中國官方立場完全不同調，雙方難找到共通的語言。
影響兩岸交流的要件上，反滲透法的重要性並不高，絕大部分民眾反對中國介選；但民眾同時也期待能與中國維持多面向交流，認為兩岸官方溝通管道處於寒冬期的情況並非健全發展，如果遭遇狀況，甚至有擦槍走火的潛在可能。
民進黨在捍衛台灣主權的同時，新政府要如何開展與中國大陸健康有序的交流，實有急迫性。中國方面藉立法院國民黨訪團赴大陸之際，連環提出恢復海上客運直航、恢復30個航點客運直航等等要求；福建省也宣布新一批的惠台措施，迅速出招；而共軍在海峽的進逼，灰色侵擾動作從未停止。民進黨認真打認知作戰之餘，有必要儘速執行務實的兩岸策略，如同賴清德所說「展開自信的交流」，「增進彼此了解、與和解，以及兩岸人民福祉」。