當地時間2月6日夜晚11點50分前後，以台灣東部花蓮縣花蓮市以北約22公里處為震源發生了里氏6.4級地震,為此，日本首相官邸2月8日在官網上刊登了安倍向蔡英文發出的慰問信，慰問信中寫道：“蔡英文總統閣下，接獲此次台灣東部發生大地震，造成重大損害的消息，感到萬分痛心。在此向罹難者表示深切的哀悼，並向受災各位表示衷心的慰問。
東日本大地震時，日本得到長年以來的朋友-台灣各位熱情的幫助，日本國民直到現在仍記憶猶新。在台灣面臨困難的時刻，日本願協助台灣，提供一切必要的支援。目前已派遣警察、消防等專業團隊，以全力協助搜索及救助工作。”
而蔡英文辦公室發言人黃重諺在2月8日對大陸和美日等的關切表示感謝，卻婉拒大陸等派員救災。台當局聲稱，唯一例外是日本，台當局同意請日本協助，是因為“日本有高階探測儀”--電磁波人命探查裝置（LS-RR03），但是中國有媒體稱這種儀器大陸也有。
由於安倍使用了“蔡英文總統閣下”這一稱呼，2月9日，在中國外交部發言人耿爽主持的例行記者會上，有記者問：我們注意到，日前，台灣花蓮發生地震後，日本個別高層政要向台灣方面表達慰問，但卻公然使用台所謂的“官方職務”稱呼台當局官員。中方對此有何評論？是否已經向日方提出交涉？
耿爽回答說：台灣花蓮發生強烈地震後，大陸各界十分關心。國台辦主任張志軍已向花蓮地震災區同胞表達慰問，並表示願派救援隊赴台救災，及時提供各方面必要協助。
我願強調的是，日方借賑災慰問之名在國際上公然製造“一中一台”，有關做法違背了一個中國原則，違背了日方在台灣問題上所作承諾，中方對此極為不滿，並已向日方提出嚴正交涉。
我們敦促日方切實恪守中日四個政治文件確定的原則，立即糾正錯誤做法，不要給中日關係製造新的干擾。
為此，在日本首相官邸的官網上，在9號就刪除了“蔡英文總統閣下”的字樣。
但是安倍依舊和蔡英文在推特網上進行了“首腦外交”。安倍在官邸官方推特上發文對災民表示慰問並表明將提供援助，對此蔡英文用日語轉發，稱“患難見真情，確實如此”等表達謝意。安倍9日在自己的帳號上對此用日語和中文轉發時稱：“日本此時此刻，與你們同在”。
日本、大陸、台灣有關救災問題的恩恩怨怨由來已久。
2011年3月11日，日本發生東日本大地震，台灣民眾紛紛舉行了捐款活動，台灣所捐款項達到100億日元，成為海外各國和地區中最高的捐款金額。
但是，當時的民主黨政權顧及到與中國的關係，在2011年的感謝各國的廣告宣傳中，並沒有在台灣刊出日本政府的感謝廣告。2012年3月11日，日本政府主辦東日本大地震一周年紀念儀式，台北駐日本經濟文化代表處副代表羅坤燦，在出席大會的時候遭到了冷落，沒有獲得日本政府有關部門的“外交使節”待遇，更沒有獲得作為外交官的獻花的機會，而是被安排在二樓的座席，與一般的企業人士在一起。此事被自民黨議員披露後，當時的日本首相野田佳彥表示道歉。
中國2012年出席了當年日本政府的“3·11”紀念儀式，但2013年，新上任的安倍政府以“捐款最多”為由將台灣列入只有主權國家和國際機構才可參加的“指名鮮花”環節，引發中方不滿，中國方面拒絕參加，以後再也沒有參加每年舉辦的此紀念儀式。
圍繞救災問題，日本、大陸、台灣的恩恩怨怨一直糾纏其中，最近，日中高層會見時，中國總要敲打日本：不要違背一個中國的原則，而圍繞救災問題的糾葛，也是大陸如此敲打日本的主要原因之一。