5月25日，安倍首相在官邸舉行記者會，宣布日本全國解除緊急事態宣言，在被問及中美圍繞新型冠狀病毒激烈對立，日本站在那一邊的問題時，安倍首相指出：“現在，中美圍繞新型冠狀病毒感染症的發生源正在進行相當激烈的爭論，而日本的立場是：這一新型冠狀病毒，是從中國擴展到世界的，這是事實。”
為此，中國外交部發言人趙立堅在5月26日的記者會上表示：新冠病毒源頭是一個嚴肅的科學問題，必須以事實和科學為依據，由科學家和醫學專家去研究。
他說，我們堅決反對將病毒來源問題政治化、污名化，這種做法有悖於世界衛生組織及大量研究機構、醫學專家的專業意見，更有違國際社會包括中日兩國共同抗擊疫情的努力和期待。
在這個問題上，有一些媒體指安倍在中美兩國之間“選邊站”，選擇了美國，但是安倍這樣講，其實還有許多複雜的因素參雜其中。
日本發現首例新冠感染者是在今年1月6日，住在日本神奈川縣的一名30多歲的男性，1月6日從中國武漢回日本，1月6日去醫院就診，確診為原因不明的肺炎，1月14日此人就診的醫院向所轄保健所報告，1月10日入院，15日痊癒退院。
因此日本政府很早就認為新冠病毒是從中國傳播到世界上的，雖然日本沒有明確探究新冠病毒的最早起源，但是早在今年1月6日，日本厚生勞動省就發布了《關於在中華人民共和國湖北省武漢市發生原因不明的肺炎》第一報，日本首相安倍晉三在5月15日晚的網絡節目中表示：新冠病毒是從中國傳播到世界的是一個確定的事實。
這一方面由於日本首個病例來源於武漢，再一個就是在網絡上盛傳一些消息，說在日本2019年的早些時候，就已經發現冠狀病毒。
5月5日，一名叫做福島淳也的醫生在Facebook上發表文章，稱研究結果表明：在2019年8月新冠病毒就很可能已進入日本並蔓延。
他寫道：他對2019年9月24日采血的一名60多歲的女性患者的凍結血清進行了抗體檢查，發現新冠病毒抗體（IgG）呈陽性。
5月15日，日本厚生勞動大臣加藤勝信在內閣會議後的記者會上表示：“關於抗體檢查，為了檢測在海外被承認的檢測配套元件等的性能，厚生勞動省的研究班，用獻血血液做血樣進行了評價。 其中有今年4月在東京都內及東北6縣采血的各自500份血樣，和去年1月～3月在關東甲信越采血的500份血樣，因此，這裡包含着此次新型冠狀病毒感染症還沒發生時期的血樣。測量結果顯示，在今年的東京都的血樣中，使用了幾個配套元件，合計有3件，而在東北6縣的檢體有2件，去年的檢體中有2件呈現陽性的結果。
關於這一結果，除了本研究班以外，我們也諮詢了包括統計學在內的複數的專家們的意見，認為對去年、今年采血的血樣的檢測結果中，包括一定的假陽性，這是很自然的，專家們指出：此次用於檢測配套元件的檢測結果標準上的偏差，因此用此次少人數的檢測，言及檢測配套元件的性能和抗體持有率是不恰當的。”
這兩條消息在中國的互聯網等瘋傳，有很多人誤解為2019年1月到3月，或是2019年8月日本就有了新冠病毒。
目前市面上有一些抗體檢測配套元件的誤差很大，日本東京大學尖端科學技術研究中心(尖端研)等組成的研究小組5月31日發表報告指出，用簡易抗體檢測配套元件進行新冠病毒的檢測，呈現陽性的人中約有90%的人，再用大型機器進行精密檢查結果都呈陰性，目前這種抗體檢測配套元件在日本全國的診所不斷被引進，因此檢測的精確度是一個很大課題。
日本現在還沒有國家認可的作為臨床確診所使用的新冠抗體檢測的醫療工具，但是在普查時可以使用各廠家生產的抗體檢測配套元件等。
據日本厚生勞動省官員指出：在2019年1-3月的血樣中檢查出新冠病毒抗體陽性，說明檢測中存在“假陽性”的問題，不能說明2019年1-3月在日本就存在新冠病毒，2019年1-3月的血樣是作為“陰性對照群”來檢驗抗體檢查配套元件等的性能的，而從厚生勞動省公布的檢測結果圖表來看，在2019年1-3月採集的血樣中，一家公司的產品陽性率為0.2%；另一家公司的陽性率為0.4%，而厚勞省發表的研究結果在圖表底下注釋道：“一般0.4%程度的非特異性（偽陰性、偽陽性）是處於允許存在的範圍以內。”
但是日本在2019年早些時候采血的血樣中檢查出新冠病毒抗體陽性的消息在網絡上迅速傳播，並有一些消息省略或並沒有弄懂上述的醫學知識和複雜的操作過程及現有的新冠抗體檢測本身的局限性，這會使有些人相信新冠病毒早就在日本存在，也許安倍不得不出來說話，也有這方面的因素。