為了調查釣魚群島的生態環境，日本沖繩石垣市委託日本東海大學教授山田吉彥等，於4月26日、27日兩天在釣魚島海域進行了調查，4月27日，石垣市市長中山義隆、東海大學教授山田吉彥、自民黨議會議員聯盟“尖閣諸島調查開發推進會”會長、前防衛大臣稻田朋美、該會幹事長山田宏、眾議院議員櫻田義孝、參議院議員青山繁晴、日本維新會眾議院議員和田有一郎一起參加了調查和視察，視察過程中遭遇中國海警船，出現了比較驚險的場面。
在視察時，一艘進入釣魚島周邊日本認為是“領海”水域的中國海警船在調查船附近行駛，並接近調查船，最近距離約1公里遠， 一艘日本海上保安廳巡邏艇處於戒備狀態，並在電子公告牌上用中文和日文向中國海警船發出警告，並擋住中國海警船。返回港口後，中山市長在接受媒體採訪時表示：“在調查的第二天，中國海警船逼近，海上保安廳阻止了他們，但當時非常緊張。”
據說該島的生態環境可能已經發生了重大變化，專家們呼籲登島調查，但是這次環境生態調查因中國海警船接近考察船而被迫取消部分計畫。稻田朋美等5名國會議員在釣魚島海域停留約4個小時，中國海警船在他們所乘的日方調查船踏上歸途時仍然在後面追蹤。
這次調查引來日中間的外交風波。
4月29日，中國外交部發言人林劍主持例行記者會。
深圳衛視記者提問：據媒體報道，日本自民黨代理幹事長稻田朋美等5名國會議員參加石垣市政府組織的“調查團”，進入釣魚島領海進行“視察”。請問中方對此有何評論？
林劍回答說：“釣魚島及其附屬島嶼是中國固有領土。針對日方有關侵權挑釁行徑，中方已經通過外交渠道向日方提出嚴正交涉。中方將繼續採取一切必要措施，堅決維護國家領土主權。我們敦促日方恪守中日四點原則共識，立即停止一切挑釁和單方面升級事態的做法，切實尊重中國主權和領土完整。”
日方在這次調查中使用了無人機，從無人機拍攝的畫面看，可以看到沿海地區散布着白色物體。
據參加調查的東海大學的山田吉彥教授稱，這些實際上是中國漁民扔掉的垃圾堆，另外還有其他異常。在12年前的調查中，肉眼就能看到很多山羊，但現在看到的畫面是裸露的山體，說明連山羊都無法生存。專家們根據們這些情況分析，認為島上水源的枯竭正在加劇。
山田吉彥教授指出：水源稀缺，整個島嶼都開始乾旱，我們需要儘快進行登陸調查。（見5月3FNN Prime Online網絡新聞《“緊迫的海”尖閣諸島，日本和中國船隻對峙，首次無人機調查……因中國海警船接近而中止》）
1978年，日本右翼團體日本青年社欲登島建立燈塔，以向世界宣示釣魚島是“日本的領土”，他們說釣魚島周邊島上的人們擔心他們去島上建燈塔後，前來迎接他們的船隻遲遲不能到達，作為食物送給他們兩頭山羊，雌雄各一頭，他們建完燈塔後，就把兩頭山羊放到了島上，第二年去修理燈塔時，繁殖成數頭山羊，在幾年以後，已達幾百頭。
日本石垣市方面認為：如果不及時捕獲那些山羊，它們有可能吃光島上的植被，會對自然的生態環境發生影響，因此應該迅速到島上進行調查並採取保護措施。
2022年3月，石垣市委託日本東海大學總結了《2022年度石垣市周邊海域現狀調查報告書》，報告書指出：
因為存在着釣魚群島的魚釣島上因山羊啃食導致植被減少的問題，因此，這次調查對魚釣島的植被狀況進行了觀察。海岸漂浮垃圾和海洋漂流垃圾也是重大環境問題。因此，這次調查也對釣魚島海岸漂浮垃圾的情況以及在石垣島和釣魚島之間航行時海洋漂流的垃圾進行了調查。
由於這次調查的觀察僅限於船上觀察和拍照，因此無法準確分析過去已確認的植被減少（裸地擴大）現象，但可看到，2014年時，沒有植被的裸地在南側較為突出，而現在正向北側擴大，可以推測山羊的啃食之害可能已經蔓延到了魚釣島整個島嶼。
在無法了解山羊數量的現狀下，這次調查研究只好僅限於推測，但釣魚島是珍貴的野生動、植物的寶庫，因此，實施登島調查或利用無人機進行調查等，準確了解山羊的生息情況和植被狀況之間的關係，並根據這些信息採取適當的措施，是當前亟待解決的問題。
據悉，釣魚島上棲息着許多原生物種，如釣魚島鼴鼠、黑線姬鼠等島上原生的小型哺乳動物，還確認有釣魚島穴螺、熱帶蝸牛等原生的陸生貝類，釣魚島有許多野鳥繁殖，現在至少生息着34種鳥類，被選定為世界共同標準的重點鳥區（IBA），在世界上確認僅存約500-1000隻的短尾信天翁，也在2005年於釣魚群島北小島和南小島發現，約有250隻，分布於世界各地的熱帶海洋地帶的藍臉鰹鳥也是非常珍貴的鳥類，數量非常稀少，其太平洋亞種，生息在釣魚島和日本的西之島。釣魚島昆蟲有100多種，而從植物來看，有稀有的釣魚島金絲桃、釣魚島杜鵑等大約560種植物，還有山茶、棕櫚、馬齒莧、仙人掌等，島上也生長無數珍貴的藥材，有一種叫海芙蓉的海草，生長在沿岸的岩石縫隙中，是防治風濕症和高血壓的良藥。釣魚島周邊有豐富的海洋生物資源，釣魚島及其附屬島嶼位於溫暖的黑潮流域，海洋生物資源非常豐富，主要捕撈品種有黃鰭馬面魨、短尾大眼鯛、鮐魚、綠鰭馬面魨、竹莢魚、藍圓鰺、鮀鰹、鯊魚類等，過去的人們認為島嶼周邊有大量魚群而將其命名為“釣魚島”，此外周邊海中的珊瑚群也很珍貴，釣魚群島是一個“自然寶庫”，石垣市方面擔心：漂流垃圾等會破壞這些動植物的生態系統。
而今年的調查顯示現在情況更加嚴重，可能綠色植被已經快被山羊吞噬殆盡，因此為了解決釣魚島的生態問題，需要登島調查並適當解決，但是實際管轄釣魚島的日本方面已經越來越難登島調查和驅除山羊，同乘調查船的前去調查的石垣市中山義隆市長再次指出：要阻止生態系統的破壞，需要研究人員和行政官員登陸島嶼，詳細調查現狀，並採取除山羊等措施。
但是中國強烈主張釣魚島的領有權，在周邊海域常駐4艘艦船，經常進入釣魚島周圍日本認為是“領海”的水域，阻止日本漁船捕魚的行為常態化，登島調查更是難上加難。
中國全國人民代表大會2021年2月1日開始實行《中華人民共和國海警法》，規定當外國船違法進入中國領海，海警局可強制驅趕或進行調查，其中還規定，若發生外國船隻在中國管轄海域違法活動，且不遵從海警局要求停船的命令等情況，海警局可動用武器。
因此，現在中國海警船和日本海上保安廳的巡視船擦槍走火的可能性十分之大，而中國海警艦的噸位大大超過日本海上保安廳的1千噸級的巡視船，其武力高高凌駕於日本巡視艦之上，因此日本方面覺得十分危險。
但是如果這種情況持續下去，釣魚島的生態環境將越來越壞，因此主權爭端與保護釣魚島的生態環境發生了嚴重的衝突和對立，在政治與主權的紛爭中，對環境與生態問題只好棄之不顧，而要解決這個問題，只有通過日中兩國相關部門積極接觸，通過談判和協商解決。1978年10月，時任中國副總理的鄧小平為交換中日和平友好條約批准書訪日，同日本首相福田赳夫會談後在記者招待會上就釣魚島問題表示：“我們這一代人智慧不夠，這個問題談不攏，我們下一代人總比我們聰明，總會找到一個大家都能接受的好辦法，來解決這個問題”。也許，日中通過協商合作，共同解決釣魚島的生態問題，會提供一個良好的契機，促使雙方找到一個“大家都能接受的好辦法”，否則具有重要生態與環境意義的釣魚島將變成一個光禿禿的荒島。