在英國決定是否脫離歐盟（EU）的全民公投中，支持脫歐的票數超過半數，而英國脫離歐盟，將對日本經濟等產生很大的衝擊，日本財務大臣麻生太郎在日本時間24日中午過後，在財務省內召開緊急記者會指出：目前彙率市場神經質般地波動，我們十分關注，在必要的時候，將比以往更加切實地對應。麻生還指出：對於英國全民公投的結果給世界經濟、金融、外彙市場帶來的風險極其憂慮。
受公投結果影響，英鎊和歐元都被視為風險資產，日元則被視為比較安全的資產被大量買入，使東京外彙市場24日日元彙率急速攀升,美元兌日元彙率盤中一度跌破100大關，日元彙率升至2013年11月以來的最高點，而由於擔心以出口企業為主的日本企業業績惡化，日本股市暴跌1286日元33錢，創今年新低。
而日本目前物價和消費均呈現低迷狀態，日元持續走高恐導致日本經濟長期停滯的可能性升高。
今年1月日本央行決定推行“負利率”政策後日元出現貶值，美元兌日元彙率一度升破121。此後由於美國近期加息預期減退以及中國等新興市場國家經濟增幅放緩等，日元轉為升值。此次英國脫歐憂慮升溫進一步導致日元飆升。
據日本的主要諮詢機關預測，由於日元走高造成日本出口減少，日本國民總產值（GDP)將減少1%，力圖使日本名義GDP(Nominal GDP)達到600兆日元的安倍經濟學遇到了新的挑戰。以日本大企業松下電器為例，日元對美元彙率如果增加一日元，就將減收350億日元。
日元升值，也必然重創日本旅遊業，日本觀光廳6月15日發布最新統計數據顯示，截止2016年5月，訪日遊客以史上最快速度突破1000萬人。觀光廳長官田村明比古在15日的記者會上表示：“雖然世界經濟的不確定性在增強，還有日元升值和熊本地震等不利因素，不過訪日外國人在上半年較早階段就達到1000萬人”。而2015年度（2015年4月至2016年3月）訪日外國遊客達2136萬人，首次突破了2000萬人大關，創出新紀錄，較2014年度增長了46%。2015年訪日遊客在日消費額首次突破30000億日元（約合1677億元人民幣），據日本媒體等統計，約8個外國遊客來日本旅遊,就等於一個日本人一年的消費，外國人的訪日，大大推動了日本長年來一直疲軟的內需，而日元升值，必然打擊外國遊客的訪日熱情，有專家稱：“如果入境游回落，日本經濟的復蘇態勢將會變得非常微弱。”
另一方面，日本在英國有許多企業，這些企業本來都是以歐洲一體化為前提在英國投資建廠的，而如果英國脫離歐盟，會使這些企業受到了很大打擊。豐田汽車在英國的Burnaston有整車生產工廠，每年生產19萬輛汽車，其中75%出口歐洲的其他國家，而英國脫離歐盟後，豐田非常擔心由於關稅等因素使出口成本和進口零部件成本上升。
根據日本帝國銀行的資料，在英國的日本企業有1380家，在英國脫離歐盟之前，無論產品在歐盟領域內銷售還是在歐盟境內進口零部件，都可以免除關稅，而英國脫離歐盟後，他們在英國投資建廠的“免稅優勢”可能失去，使其經營陷入困境。
為此，日本外相岸田文雄27日上午就英國脫離歐盟的問題在外務省與英國駐日大使希欽斯舉行了會談。岸田表示，目前約有一千家日企在英國投資，希望英方盡全力保證這些企業能穩定地開展活動。岸田希望英方“應盡最大的努力保持（日企）能穩定開展活動的狀態”。
日本經濟產業省也於27日召開官民會議，聽取進軍英國的日企以及經濟團體的意見，旨在了解企業活動可預見的影響及關切事項，將之反映到政府對策中。