日本防衛相小野寺五典1月19日舉行記者會，就美軍3架直升機18日在沖繩縣宜野灣市的市立普天間第二小學上空飛行的問題表示，已向美方表示抗議，抗議稱，“美方未實施我們所要求的飛行”。他對美國海軍陸戰隊發表聲明否認飛行提出反駁，要求遵守“盡最大可能避免”在學校上空飛行的日美共識。”
日方對此表現出極大憤慨，除防衛大臣抗議之外，官房長官菅義偉在1月19日下午的記者會上表示“極其遺憾”。
去年12月13日上午10點15分左右，約1米見方的窗戶狀物體從上空墜入了沖繩縣宜野灣市市立普天間第二小學的操場。美軍方面就墜落物表示，是隸屬毗鄰該校的美軍普天間機場的海軍陸戰隊CH-53E大型運輸直升機的一部分。沖繩縣政府表示，接到了一名兒童因風壓受擦傷的消息。窗體墜落時，操場上約有兒童等50人。
事後，日本政府去年12月13日要求駐日美軍在確認安全之前停飛同型飛機。防衛副大臣山本朋廣在防衛省會見駐日美軍最高指揮官、馬丁內斯司令，告知了日方的要求。馬丁內斯承認“無疑是美軍的墜落物”。
官房長官菅義偉在記者會上強調，“不僅給學校相關人士，而且給縣民造成了不安，這是不該發生的事情”。
按說這個事故只有一名小學生受輕傷，美軍機再次從學校上空飛行確實有違反日美雙方共識之嫌，但是沒有造成什麼傷害，但是日本政府的憤怒表現得相當激烈，抗議的措辭也相當嚴厲，這到底是為什麼？
首先是沖繩當地最近對美軍的反感情緒高漲，2016年4月28日晚，駐日美軍基地工作人員辛紮托涉嫌在路上持棍棒襲擊沖繩縣女子島袋裡奈，然後將其拖入路邊草叢企圖強姦。因遭抵抗，強姦未遂，辛紮托殺害了島袋裡奈。引起了當地民眾的極大憤慨，之後沖繩地方政府、議會和民眾等通過決議、集會等多種方式表達不滿，抗議美軍人員暴行，要求撤走美軍基地。
去年飛機窗子墜落以後，沖繩縣議會去年12月21日全會一致通過抗議決議和意見書，提出“不能再讓縣民生活受到威脅”，要求停止美軍機在學校、醫院等民用地上空的飛行和訓練。
而目前日美正面臨著一個非常棘手的問題，就是普天間機場搬遷的問題。
1995年，駐沖繩美軍士兵強姦少女事件在沖繩引發了大規模的反對美軍基地運動，日本全國各地也舉行各種規模的抗議集會，要求美軍把普天間基地歸還日本。為平息這一浪潮，日美兩國政府進行了多次協商，在1996年12月舉行的日美安全保障委員會會議上，通過了關於沖繩美軍基地問題的最終報告和普天間機場問題的附加文件，決定在5到7年之內將普天間基地返還給沖繩返還給沖繩，1997年決定在沖繩縣名護市建設美軍海上新的航空基地，但遭該市甚至沖繩縣大多數人反對，替代機場一直沒有動工修建。此後10年間美日兩國及日本政府與地方政府之間就普天間機場遷址問題一直爭執不休。
2010年5月28日，日本和美國兩國政府就駐日美軍普天間基地遷移問題發表聯合聲明，表示將把該基地遷至沖繩縣名護市邊野古的美軍施瓦布軍營周邊，但是仍然遭到當地人的強烈反對，現任沖繩縣知事的翁長雄志和名護市市長稻嶺進都反對普天間機場搬遷至名護市邊野古的計畫。
由於日本實行地方自治制，中央政府也無法強制地方政府執行中央的命令，只好不斷和地方政府打官司。
明年秋季將舉行沖繩縣知事選舉，而今年2月4日，將舉行其前哨戰--名護市市長舉行。市長選舉的格局是自民黨推薦的推進邊野古搬遷的前市議員渡具知武豐挑戰與翁長雄志共同對抗安倍政府、力爭第三次當選的現任市長稻嶺進。自民黨的盟黨公明黨上次未推出候選人，允許了自主投票，而此次則決定和自民黨一起推薦渡具知武豐，因而激戰必將到來。
如果渡具知武豐當選，普天間機場搬遷問題可能迎刃而解，要是稻嶺進連任，關係到美軍在日本駐留的前途和日美關係中的最大懸案，因此日本政府特別在意沖繩縣民的情緒，如果在美軍引起的問題上不採取嚴厲的態度，損壞了沖繩人的感情，在名護市和沖繩縣的選舉中一敗再敗，普天間機場搬遷問題的解決將遙遙無期。
據日本《產經新聞》1月20日報道，針對美軍軍機的一系列事件，自民黨的一名幹部說：如果在一系列的選舉中，都被支持翁長雄志的組織“全沖繩”的勢力擊敗，美軍自身在日本的運營都會產生障礙，為什麼美軍方面連這樣簡單的道理都不懂呢？