台灣行政法院裁定政府對公投案的意見不應印入選舉公報中選會將抗告
台灣這次選舉附帶舉行的十項公投非常激烈，民間的公投提案單位，不滿中選會之前針對這次公投已發布公告後，因行政院要強化對某些公投案的反對立場，竟在九天後(11/2)重新公告，違反了公投法，向台北行政法院提起訴訟，申請假執行。
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台北行政法院日前裁定，因公投法對選務機關發布公告有時效的規定，中選會重新公告確已違法。另合議庭認為，把公告里的「行政院意見書」，也就是「政府意見」登載於選舉公報，將影響公投結果，損害難以回復，裁准「停止執行」。要求中選會不得將公告里的「行政院意見書」刊登在公民投票的選舉公報。
狀告中選會的民間單位是「下一代幸福聯盟」，他們提出的公投案是問選民是否贊成把「同性可以結婚」的規定另立專法，不要放在民法當中。而民進黨支持同性婚姻，更已經把開放同性可以結婚的法條放入民法。如果此一公投案通過，民進黨就必須恢復民法「婚姻必須是一男一女」的原規定，針對同性婚姻另立專法。
幸福盟質疑，中選會違法重行公告的行政院意見書里，扭曲「愛家三公投」提案原意及通過的後續效應，意圖誤導選民，完全是褻瀆民主的行為，呼籲中選會不要以抗告手法，延遲公投公報重印。
國民黨副主席郝龍斌日前也召開記者會，也對中選會重新發布公投公告的違法行為及內容表達不滿。郝龍斌領銜提案的「反對日本核災區食品進口」的公投案如果通過，對親日的民進黨政府將是一大打擊，行政院補充的意見書則告訴民眾，應該讓日本核災區食品進口，政府將會嚴格把關，郝龍斌因此質疑中選會違反行政中立。
不過台灣中選會不服台北行政法院的裁定，表示此一裁定有違法疑慮，加上選舉公報已經印製了900萬份，除了將繼續依法辦理所掌業務，也將向高等行政法院提出抗告。
中選會表示，如果公投提案領銜人主動表示要修改提案主文或理由，中選會都樂觀其成，積極協助。同樣道理，如果政府機關針對公民投票案提出意見書後，要修改其意見書，中選會也會依其請求，發布公告，讓修正意見書廣為周知。
法界人士指出，抗告不影響原裁定的效力進行。換句話說，在最高行政法院裁定結果出爐前，中選會仍然不得將政院意見書印在選舉公報上；但中選會態度強硬。國民黨立委賴士葆表示，中選會知法犯法，將進一步控告中選會瀆職。